Janus A and B, D. melanogaster complex 
#Kliman et al.,  2000  Genetics 156: 1913-31
16 1072
2 5
115 174
300 405                                                   
499 722
775 838
995 1051
4
melanogaster 9
simulans 3
mauritiana 3
sechellia 1
MEAra1    CACTGGTGCACATCAGTCCAGAGGGCATCTTCAAGTATGTCTTGATCAATGTCATCGATGGAGGAGATGCTTCAAAGGCGGTGATCCGGAGATTTGCGGACTGCACATGGCATGgtaagtcggatcctcatcacccatcaagtgcc-cacttagcttggttact-gtcccacagCCGACATGTTCGAGCGCGAGGAGGAGGTATTTAAAAAACTGGGGCTGCGGGCCGAGTGTCCTGGCGGCGGTCGCATTGAACACAATCCCGAGAAGAAGTACTTGAAGGTCTACGGATACTCGCAGgtgggtccattcccttgagtaaaggggtcgctgggcagtggatgtactgatgtacctaactacttgaaagattttttggagctctaatcaagtctttctatttaagGGCTTTGGAAAAGCTGATCACGCGCAGACCAAACGCATCCTGGCCACTAAATACCCGGACTACACGATCGAAATCTCAGATGAGGGATATTAGctgcaatcaacgagagaagactccacataagcacactgacatgaatttataccattggcttcgatcctgtgtgccatgattttattggaaatggcatttaaaattgagaaatactctgaaaggcagttagtctgtagctttgcaactgctcgcactaaaccttttcggatctaaattaatcagtttgtacacaaatttcgtttcttttcctttggttaaataaaATGAAAATGTTCAAGTCATTGCGTCTGCTTCCTCATATTGTTTCTCCGTTTCgtaaggcttaggaatatttaatattaagattaacaagcccta------atatacttggttttagAAAAATGTTACTCAACCGATTTGATAAGTTTGGTAGGCGTTCCCCGGGTCAAGATAACCAAGGGTCAGAATCGTTATTTGTTGGTGAATATTCATACGCATGGCTTCACGAAGTATGGAAGAGTTATTGTCCGTGGCGCCGATGTTGACAATCACTgtgagtttccactgctggacgcttaaccttgagcagtcttacaaatccttctttcagTGGCGGTCTTCGACTCGATTT
MEAra8    CACTGGTGCACATCAGTCCAGAGGGCATCTTCAAGTATGTCATGATCAATGTCTTCGATGGAGGAGATGCTTCAAAGGCGGTGATCCGGAGATTTGCGAGCTGCACATGGCATGgtaagtcggatcctcatcacccatcaagtgcc-cacttagcttggttact-gtcccacagCCGACATCTTCGAGCGCGAGGAGGAGGTCTTTAAAAAACTGGGGCTGCGGGCCGAGTGTCCTGGCGGCGGTCGCATTGAACACAATCCCGACAAGAAGTACTTGAAGGTCTACGGATACTCGCAGgtgggtctattcccttgagtaaaggggtcgctgggcagtggatggactgatgtatctaactacttgaaaaattttctggagttctaatcaagtctttctatttaagGGCTTTGGAAAAGCTGATCACGCGCAGACCAAACGCATCCTGGCCACCAAATACCCGGACTACACGATCGAAATCTCCGATGAGGGATATTAGctgcaatcaacgagagaagactccacataagcacactgacatgaatttataccattggctttgatcctgtgtgccatgattttattggaaatggcatttaaaattgagaaatgctctgaaaggcagttagtctgtagctttgcaactgctcgcactaaaccttttcggatctaaattaatcagtttgtacacaaatttcgtttcttttcctttggttaaataaaATGAAAATGTTCAAGTCATTGCGTCTGCTTCCTCATATTGTTTCTCCGTTTCgtaaggcttaggaatattcaatattaagatttacaagcccta------atatacttggttttagAAAAATGTTACTCAACAGATTTGATAAGTTTGGTAGGCGTTCCCCGGGTCAAGATAACCAAGGGTCAGAATCGTTATTTGTTGGTGAATATTCATACGCATGGCTTCACGAAGTATGGAAGAGTTATTGTCCGTGGCGCCGATGTTGACAATCACTgtgagtttccactgctggacgcttaaccttgagcagtcttacaaatccttctttcagTGGCGGTCTTCGACTCGATTT
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SE228     NNNNNNNNNNNNNNNGTCCAGAGGGCATCTTCAAGTATGTCATGATCAATGTCATTGATGGAGGAGATGCTTCAAAGGCGGTGATCCGAGGATTTGCGGACTGCACATGGCATGgtaagtcggatcttcatcacccataaagtgtcccacttagcctggttact-atccaacagCCGACATCTTCGAGCGCGAGGAGGAGGTCTTCAAAAAACTGGGACTGCGGGCCGAGTGTCCTGGCGGCGGTCGCATTGAACACAATCCCGACAAGAAGTATTTGAAGGTCTACGGATACTCGCAGgtgggtccatttccttgagtaaaggggtcgctgagcagtggatgtattaatgtacctaacaactggaaagcttttctggagttctaatcaagtctttctatttaagGGCTTTGGAAAAGCTGATCACGCGCAGACCAAGCGCATCCTGGCCACCAAATACCCGGACTACACGATCGAAATCTCCGATGAGGGATATTAGctgcgaataaggggagaagactccacatatgcacactgacatgaatttatacccttggcttcgatcccgtgtgccatgattttattggaaatggcatttaaaattgaaaaatactctgaaaggcagttagtctgtagctttgcaactgctcgcactaaaccttttcggatctaaattaatcaggttgtacacaaatttcgtttcttttcctttggtaaaataaaATGAAAATGTTAAAGTCATTGAGTCTGATTCCCCGTATTGTTTCTCCGTTTCgtaaggcttaggaatattcaatattaaaattaacaagccttacacgtattgttcttgatcttagAAAAATGTTACTCAACCGATTTGATCAGTTTGGTAGGCGTTCCCCGGGTGAAGATAAGCAAAGGTCAGAATCGTTATTTGTTGGTTAATATTCATACGCATGGCTTCACGAAGTATGGAAGAGTTATTGTCCGTGGCGCCGATGTCGACAATCACTgtgagtttccactgctggacgcttatccttgaccaggcttataaatccttctttcagTGGCGATTTTCGACTCGATTT